Optimización del análisis de polimorfismos conformacionales de cadena simple. Caso gen del receptor de hormona Luteinizante bovino

Resumen

Con el objeto de optimizar el análisis de polimorfismos conformacionales de cadena simple (SSCP) para la detección y genotipado de los polimorfismos nucleotídicos simples (SNP) presentes en una región del gen receptor de hormona Luteinizante (LHR) bovino, se realizó un experimento en dos fases. En la primera se realizó un tamizaje molecular de 173 individuos mediante un análisis SSCP exploratorio. Las muestras que presentaron patrones electroforéticos diferenciales fueron secuenciadas y aquellas con variaciones nucleotídicas identificadas fueron utilizadas en la segunda fase para la optimización de la metodología SSCP. Se evaluaron las condiciones de la electroforesis variando la relación acrilamida/ bis-acrilamida, porcentaje de la mezcla, intensidad de corriente, porcentaje de glicerol y duración de la electroforesis. Los geles fueron teñidos en una solución de SYBER^®safe, 0,7 %, durante 25 minutos en agitación suave y los patrones electroforéticos fueron visualizados mediante un transiluminador UV. La optimización de la técnica fue asumida basada en la separación, nitidez y perceptibilidad de las bandas, así como la detección de las mutaciones. Se consideró como optimizado el sistema electroforético I. Se confirmó la presencia del SNP rs41256848, además de la detección de una variante ubicada en la posición 1337 de la secuencia de referencia NM_174381.1. En esta investigación se optimizó un procedimiento práctico para la detección y genotipado de los polimorfi smos presentes en el fragmento de LHR bovino estudiado.